Esta extensión para WooCommerce te permite introducir el coste del producto, para que aparte de la facturación puedas ver tu margen de forma fácil.

El plugin permite especificar el precio de coste de cada producto
Simplemente debemos indicar el precio de coste de cada producto y listos:

Incluso podemos ver gráficamente los ingresos, los costes y los beneficios
Los informes disponibles son los mismos que ya vienen con WooCommerce, pero ahora incluyen información relativa a los costes.
El plugin es compatible con variaciones de producto, y una particularidad interesante es que te permite aplicarlo a las ventas ya realizadas y productos ya introducidos.
Os dejo aquí un plugin para que lo veáis funcionando en directo, para que os hagáis una idea de cómo se configura y utiliza:
Como siempre, va con soporte técnico directo mío en Español y la opción a contratar la instalación y configuración. Si os queda alguna duda, ¡aquí me tenéis! :)